除掉衛生問題，營養師都會建議蔬菜水果新鮮吃。蕃茄大概是唯一聽到異議的，在學界也偶爾會聽到蕃茄要煮熟吃。可能的原因主要為茄紅素的吸收與茄鹼的毒性問題，分述如下。
未成熟青色的蕃茄和發芽的馬鈴薯都含有高量的茄鹼(Solanine)，又稱龍葵鹼，有毒。這是植物用來保護自己的，果實未成熟不希望動物吃。茄鹼熱安定，煮過也沒用，油炸也只能減少一半量。不要吃青蕃茄就是了。
蕃茄含茄紅素(lycopene)，雖然不如β胡蘿蔔素(β-carotene)能轉變成維他命A，然而它中止單旋態氧(singlet oxygen)的活性大約是β胡蘿蔔素的兩倍，而有較佳的抗氧化作用。生鮮蕃茄中的茄紅素分子，雙鍵大都全是反式(all-trans)，加熱後會有一雙鍵轉為順式(cis)，常見的為9-cis, 13-cis。早在1992年Stahl and Sies 報告煮1小時的蕃茄汁似乎吸收較佳(原文: the cis isomers seemed to be somewhat better absorbed than the all-trans form.)。在5人的攝食實驗中，個人的差異遠大於煮或沒煮的差異。
Unlu et al. (2007) 比較早餐喝100克加熱順式(cis-isomer-rich)與全反式(all-trans-rich)蕃茄汁，測攝食後9.5小時內血液中的含量，每位受試者兩星期後再測，結果為7.30與4.74，加熱過的順式茄紅素確實吸收較好。生鮮茄紅素的吸收率為加熱過的65%，是差一些。
然而，茄紅素的吸收受多種因素影響，除了順、反式之差，主要因為茄紅素為脂溶性，需靠膽鹽乳化才能吸收，所以要與食物一起吃才能有效刺激膽鹽的分泌。飯前或飯後吃蕃茄，對茄紅素吸收率的影響可能遠大於加熱順式所增加的35%。再者，製造蕃茄汁過程的輾碎將茄紅素從組織釋放出來，加熱提供能量讓分子雙鍵異構化，雖然有助吸收，也造成了茄紅素分子不安定，易氧化 (Shi, 2000)。所以，如果要蕃茄炒蛋等，加熱後不要放太久，以免氧化。
不要忘了，蕃茄還有豐富的維他命C，小蕃茄有67mg/100g，大蕃茄也有21mg，而維他命C熱不安定，會被加熱破壞。維他命C對人體不只是氧化還原的抗氧化，也是膠原蛋白製造加羥基所必須。Szent-Gyorgyi研究維他命C而得1937年的諾貝爾獎，其重要性不亞於中止單旋態氧、且可被β胡蘿蔔素取代的茄紅素。雖然說飲食要均衡，各種成分都該適量攝取，但更不要因小失大，為了增加35%茄紅素的吸收率，犧牲了維他命C，還讓茄紅素更不安定，得不償失！所以，蕃茄還是生鮮吃的好，而且不要吃未成熟青色的蕃茄。
後記：
郭悅雄教授原任教於台大化學系，專攻有機合成與抗氧化
有幸聽他演講，並請教茄紅素問題及中止單旋態氧的功能 更確定本文的正確性。
網友詢問之問答
- 問1：清純阿上 2009-10-25 18:52:53
不要吃未成熟青色的蕃茄 這個資訊實在太重要了 要廣為宣傳周知才行
答1：於2009-10-25 23:01:41回覆
未成熟果實多少都有防衛動物吃的機制，氰化物是另類常見的成分
不如此，演化過程可能就被淘汰了 種子亦然，所以中醫說：「逢子必炒」，加熱破壞之。
- 問2：清純阿上 2009-10-26 15:28:31
哈~真不好意思, 沒有弄清楚博士的重點就斷章取義, 太對不起您啦 !
而且還忘了說明是引用您這兒的文章, 真是大大不敬, 望請見諒
剛才又仔細看了一遍, 雖然知道了蕃茄還是吃生鮮且已成熟的最好
但應該是飯前還是飯後吃才好呢?
答2：於2009-10-26 18:45:26回覆
知識能傳播出去幫助別人，是很快樂的事，沒有怪您的意思啦
只是說，青蕃茄的毒性，唸食品的人大都知道，不算稀奇
蕃茄要煮熟是前幾天電視才報導的
就像香腸不要和優酪乳一起吃一樣，把錯的當真的。 蕃茄飯後吃較好，不只是增加茄紅素吸收的好處，也可中止飲食攝入的活性氧群。